Corresponde a la Secretaría de Salud el desarrollo de las siguientes funciones generales

• Inspeccionar, vigilar y controlar la aplicación de las normas técnicas, científicas administrativas y financieras que expide el Ministerio de la Protección Social.
• Contribuir a la formulación y adopción de los planes y programas del sector salud en el departamento, en armonía con las políticas, planes y programas nacionales.
• Desarrollar y administrar el Sistema de Información en Salud del Departamento.
• Elaborar programas y proyectos dirigidos al fomento de la salud, prevención de la enfermedad, el control de factores de riesgo y enfermedades.
• Responder por el cumplimiento de las políticas establecidas para el Sistema Departamental de Seguridad Social en Salud, acordes con las políticas departamentales y nacionales.
• Asesorar a las entidades del Sistema General de Seguridad Social en el Departamento.
• Dirigir y organizar los servicios de salud para garantizar la salud pública y la oferta de servicios por instituciones públicas, por contratación de servicios o por el otorgamiento de subsidios a la demanda.
• Dirigir el proceso de descentralización de la salud en el Departamento y otorgar la certificación del cumplimiento de los requisitos por parte de los municipios para que asuman sus competencias en salud.
• Garantizar y velar porque la organización, los recursos asignados y los servicios de salud sean óptimos, eficaces y contribuyan al cumplimiento y desarrollo de los objetivos establecidos por la Constitución y la ley.
• Velar para que las Instituciones prestadoras de Servicios de salud (pública, privada o mixta) establezcan los mecanismos de atención al cliente y canalicen adecuadamente sus peticiones.
• Garantizar la función social del estado en la adecuada prestación y ampliación de cobertura de los servicios de salud. Promover las políticas de la Secretaria de Salud, conducentes a la consecución de recursos especiales y al establecimiento de relaciones e intercambios con otras instituciones nacionales e internacionales
• Dirigir, coordinar y vigilar el sector salud y el Sistema General de Seguridad Social en Salud dentro del territorio, atendiendo las disposiciones nacionales sobre la materia.
• Formular planes, programas y proyectos para el desarrollo del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social, en armonía con las disposiciones del orden nacional.
• Adoptar, difundir, implantar, ejecutar y evaluar, las normas, políticas, estrategias, planes, programas y proyectos del sector salud y del Sistema General de Seguridad Social en Salud, que formule y expida la Nación.
• Prestar asistencia técnica y asesoría a los municipios e instituciones públicas que prestan servicios de salud en su jurisdicción.
• Supervisar y controlar el recaudo y la aplicación de los recursos propios, los cedidos por la Nación y los del Sistema General de Participaciones con destinación específica para salud, y administrar los recursos del Fondo Departamental de Salud.
• Promover la participación social y la promoción del ejercicio pleno de los deberes y derechos de los ciudadanos en materia de salud y de Seguridad Social en Salud.
• Financiar los tribunales seccionales de ética médica y odontológica, y vigilar la correcta utilización de los recursos.
• Promover planes, programas, estrategias y proyectos en salud para su inclusión en los planes y programas nacionales.
• Ejecutar las acciones inherentes a la atención en salud de las personas declaradas por vía judicial como inimputables por trastorno mental o inmadurez psicológica, con los recursos nacionales de destinación específica que para tal efecto transfiera la Nación. De prestación de servicios de salud.
• Gestionar la prestación de los servicios de salud, de manera oportuna, eficiente y con calidad a la población menos favorecida, en lo no cubierto con subsidios a la demanda, que resida en su jurisdicción, mediante instituciones prestadoras de servicios de salud públicas o privadas.
• Financiar con los recursos propios, si lo considera pertinente, con los recursos asignados por concepto de participaciones y demás recursos cedidos, la prestación de servicios de salud a la población menos favorecida con subsidios a la demanda y los servicios de salud mental. Organizar, dirigir, coordinar y administrar la red de Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud Públicas en el departamento.
• Concurrir en la financiación de las inversiones necesarias para la organización funcional y administrativa de la red de Instituciones Prestadoras de Servicios de Salud a su cargo.
• Efectuar en su jurisdicción el registro de los prestadores públicos y privados de servicios de salud, recibir la declaración de requisitos esenciales para la prestación de los servicios y adelantar la vigilancia y el control correspondiente. Preparar el plan bienal de inversiones públicas en salud, en el cual se incluirán las destinadas a infraestructura, dotación y equipos, de acuerdo con la Política de Prestación de Servicios de Salud.
• Vigilar el cumplimiento de las normas técnicas dictadas por la Nación para la construcción de obras civiles, dotaciones básicas y mantenimiento integral de las instituciones prestadoras de servicios de salud y de los centros de bienestar de anciano.